FAQ:WinAPI VCPP:диалог выбора папок

Как с помощью CFileDialog разрешить выбирать только папки?

Никак - он этого не делает. Для того, чтобы выбирать директории применяют функцию SHBrowseForFolder.

Простой пример:

char pchSelectedF[MAX_PATH] = "";
 
BROWSEINFO bi=
{
	m_hWnd,
	0,
	pchSelectedF,
	"Выбираем папку",
	0, 0, 0, 0
};
 
SHBrowseForFolder(&bi);
// bi.pszDisplayName - выбранная папка